Podľa výskumov sú domovom marhule obyčajnej génove centra východoázijské (Čina, Nepál) a stredoázijské (Afganistan, Tadžikistan). Jej adaptácia kvôli silnejším mrazom, oproti pôvodnej domovine, nie je dostatočná a v podmienkach strednej Európy nie je ukončená.
Medzi najnebezpečnejšie choroby možno zaradiť moniliózu kôstkovín (Monilinia laxa) a komplexné ochorenie marhúľ, tzv. apoplexia, známa pod názvom mŕtvica marhúľ. Na predčasnom odumieraní konárov a celých stromov marhule, apoplexii, sa podieľajú viaceré biotické a abiotické faktory. Príčina tejto choroby ešte nie je dostatočne objasnená. Na napadnutých stromoch dochádza k odlupovaniu kôry od dreva. Choroba je vždy sprevádzanaá glejotokom. Na báze kmeňa môžme často pozorovať aj rakovinové rany. Apoplexia sa prejavuje rýchlym usychaním listov. Často môže dochádzať k odumieraniu rozkvitnutého stromu. Vznik choroby môže spôsobovať viac druhov patogénov. Drevo dobre nevyzreje a je náchylnejšie na poškodenie mrazom. Choroba sa môže tiež prejaviť odumieraním konárov s lokálnou nekrózou. Veľký význam má aj vplyv stanovišťa.
Ochranné opatrenia začínajú predovšetkým vhodným výberom bezviróznych odrôd a pestovateľskej lokality, realizáciou správneho termínu rezu počas dormancie, kvôli zamedzeniu glejotoku. Odstraňujeme mumifikované plody a zaschnuté konáre. K celkovému posilneniu vitality stromov je dôležitá harmonická výživa, hlavne pomer dusíka ku draslíku. Na ochranu proti monilióze sa používajú prípravky Abilis Ultra, Lynx, Ornament 250, Horizont 250, luna. Ochrana sa robí vždy pred a po kvitnutí.